El topillo excava sus madrigueras (huras) en el suelo. Suele tener de 1 a 3 nidos en el centro de la madriguera a unos 15 - 25 cm de profundidad. Las galerías tiene cavidades de almacenamiento (de 1 a 5) y una red de galerías entre 5 - 20 cm de profundidad conectando los nidos con el exterior. Pueden ser muy variables en tamaño y complejidad incluso con números y profundidades superiores a las enunciadas, dependiendo del suelo, época del año, tiempo de excavación, número de individuos...

La detección de madrigueras no implica forzosamente la presencia de topillo campesino: las colonias pueden permanecer durante mucho tiempo cuando ya han sido abandonadas; ante una posible actuación frente a la observación de una situación de colonización, se debe comprobar previamente la actividad de las madrigueras y que esta se deba al topillo campesino.