Como todas las infecciones, teóricamente, sería posible identificar a los animales portadores y eliminarlos rápidamente, siempre y cuando se combinen las técnicas de ELISA y PCR debido a que algunos animales infectados no seroconvierten (Rodolakis y cols., 2007). El saneamiento, sin embargo, se enfrenta con dos limitaciones: una que es caro porque requiere realizar controles continuos para evitar que se produzcan nuevas infecciones y otra que no se sabe si saneando, la infección podría persistir en determinadas especies sobre las que no se actúe. Así, la principal incógnita a resolver antes de iniciar una estrategia de este tipo sería saber si los animales silvestres que no se sanean pueden mantener la infección y cuál es el riesgo de transmisión entre animales silvestres y domésticos.

Otras alternativas de control incluyen el tratamiento con antibióticos y la vacunación. Las tetraciclinas son el antibiótico de elección en el tratamiento de la fiebre Q, pero no es totalmente efectivo, pues tras el doble tratamiento con oxitetraciclina, los animales siguen siendo eliminadores de C. burnetii (Astobiza y cols., 2010b), aunque parece ser que los abortos cesan. Así, puesto que en los pequeños rumiantes esta infección puede cursar con un brote explosivo de abortos, la aplicación generalizada de preparados a base de este compuesto puede estar indicada para intentar paliar las posibles pérdidas económicas. En el ganado vacuno, la naturaleza esporádica del aborto, las implicaciones de salud pública derivadas del uso de antibióticos en animales en lactación, y la compleja etiología de los trastornos reproductivos del ganado lechero, hacen necesaria una cuidadosa evaluación de los datos clínico-epidemiológicos disponibles y de los resultados del laboratorio antes de aplicar este tipo de tratamientos.