Varios son los fitoplasmas que pueden afectar al viñedo, aunque los más conocidos y frecuentes son la flavescencia dorada y la madera negra. Los fitoplasmas son pequeñas bacterias desprovistas de pared celular que desorganizan el funcionamiento de los tejidos y pueden provocar su muerte de las plantas. Estas enfermedades están consideradas como muy peligrosas debido a que sus efectos pueden ser económicamente graves e irremediables; sobre todo la flavescencia dorada, que está considerada como enfermedad de cuarentena. A continuación se detallan los síntomas y daños que pueden provocar estas enfermedades, el modo de transmisión, los medios de lucha y la situación actual en España y en La Rioja. El mejor medio de prevenir tanto la flavescencia dorada como la madera negra es utilizar material vegetal sano, barbados o injertos, para las nuevas plantaciones.