El proceso de incorporación del nitrato a los acuíferos es lento, y depende en gran medida de la disponibilidad de agua, la velocidad de movimiento de la misma en el subsuelo y la profundidad del acuífero. Los efectos sobre los acuíferos del uso indiscriminado de fertilizantes nitrogenados se han detectado así en muchas zonas con años de retraso, y del mismo modo las mejoras en el uso de los estiércoles y fertilizantes nitrogenados para reducir esta contaminación pueden o no verse reflejadas hasta que transcurran algunos años de su implantación.