El tracto gastrointestinal está colonizado por población comensal bacteriana, que es esencial para el desarrollo del intestino, la fisiología y la digestión. Además permite interacciones únicas con el sistema inmunitario, influyendo sobre la homeostasis en las células (Oakley et al., 2014). En las especies avícolas, la microbiota gastrointestinal está formada por bacterias, levaduras, hongos, protozoos y virus. Las primeras son las predominantes, y su composición fluctúa durante el crecimiento, dependiendo también de la dieta, la edad y la localización geográfica de los animales.

Los phyla bacterianos más abundantes en las especies aviarias son Firmicutes, Bacteroidetes y Proteobacteria, mientras que a nivel de familia, la más abundante es Lactobacillaceae. La aplicación de la técnica de secuenciación masiva permite definir mejor la composición microbiana y determinar si hay relación con algunas enfermedades. La enteritis hemorrágica es una enfermedad viral aguda que afecta a los pavos a partir de 4 semanas de vida. El virus es el adenovirus 3 (TAdV-3) y se transmite vía fecal, oral y cloacal; es la causa de graves pérdidas de producción de carne de pavo en las empresas. Suponiendo que el virus puede influir sobre la población bacteriana del intestino, los objetivos de este estudio son: definir la microbiota sana en los 4 tractos intestinales del pavo y valorar en yeyuno si la microbiota se ve afectada por el virus de la enteritis hemorrágica.